La sophrologie ne se substitue pas à un traitement médical, ni n'interfère avec. Le sophrologue ne pose pas de diagnostic, n'influence pas les choix thérapeutiques de ses clients et n'intervient pas dans les traitements en cours.

Dans le cas des accompagnements de comportements pathologiques (phobies, addictions, pulsions) , la sophrologie vient en complément d'un suivi psychologique et/ou médical.

La répétition quotidienne des séances permet de faire entrer la sophrologie dans votre vie quotidienne comme un nouvel art de vivre afin de tendre vers une meilleure connaissance de soi. De même, lorsque par exemple, vous vous initiez à un sport ou bien apprenez un instrument de musique, le résultat dépendra également de votre entraînement. Pour la sophrologique, c'est la même chose. Percevant notamment les zones de tensions, vous pourrez plus facilement prendre conscience de leur relâchement. 

Les contre-indications sont rares : il s'agit principalement de troubles psychopathologiques importants comme les dépressions majeures et les psychoses non stabilisées. Le grand âge, la maladie ne sont pas une contre-indication, car la pratique ne nécessite aucun effort physique particulier et une adaptation des exercices est toujours possible.

La sophrologie développe l'autonomie, la personne est encouragée à refaire les exercices chez elle, de façon quotidienne, pour intégrer le travail de séance. Elle travaille donc sur la conscience.

En hypnose, la personne est plutôt amenée à oublier le travail de la séance, pour une intégration inconsciente.

En sophrologie, ce que l'on prend souvent comme de la relaxation consiste en fait à se libérer des tensions, à  évacuer le négatif pour mieux rentrer dans une présence sereine. La pratique se fait debout ou assis (sauf pour les personnes alitées, hospitalisées) dans des postures dynamiques qui permettent l'activation de la conscience.

La sophrologie va au-delà de la simple recherche de détente corporelle. La détente en relaxation est un objectif, en sophrologie, elle représente un moyen d'accès pour activer la conscience.